Podnětem ke stavbě Černé věže, charakteristického horizontu města, byly především důvody obranné, které přiměly Klatovy k budování této impozantní stavby. Nešlo ovšem pouze o úzce účelový objekt, ze kterého by bylo možno v čase nebezpečí přehlédnout celé město a okolí a objevit nepřítele nebo zjistit požár, ale svou úlohu sehrály i motivy estetické a společenské. Prosperující královské město potřebovalo reprezentaci.
Proto byla v roce 1547 zadána náročná stavba mistru Antonínovi (Antonius se Sala, původem Ital). Ten předpokládal, že mohutná věž bude v budoucnu součástí radnice. Práce byly ukončeny v roce 1557 a čtyřhranná stavba z mohutných kvádrů, se 6 podlažími (v prvním byla kobka práva útrpného) a s měděnou bání, dodala klatovskému náměstí nový vzhled.
V následujících desetiletích přibyly k věži další budovy: renesanční radnice, budova jezuitské koleje a barokní kostel. V roce 1581 vyrobil mistr zvonařský Martin Jindra pro věž velký zvon. Ten byl zavěšen o dva roky později, v roce 1583 a později byl pojmenován Bartoloměj - Ondřej, lidově zvaný „Vondra“. V roce 1727 byla Černá věž opravována. Byl osazen nový krov podle projektu tesařského mistra Ondřeje Jilhana a dvě báně z mědi dostaly pozlacené korouhvičky.
Název věže pochází z jejího ožehnutí četnými požáry, zejména velkým ohněm v roce 1758, za něhož se žárem rozlil i původní zvon. Za dva roky byl zavěšen nový, pocházející z dílny zvonaře P.A.Jacominiho. Tento zvon v roce 1938 praskl a po opravě byl v roce 1940 opět zavěšen.
Dnešní podoba věže je známa od roku 1872. V roce 1870 byla stará báň shozena vichřicí (místo kam dopadla je na náměstí vyznačeno). S novou, jehlanovou střechou dosahuje celková výška Černé věže 81,6 metrů. V dolní části věže je umístěn orloj, navržený profesorem Ferdinandem Vaňkem.
V horní části bydlel v minulosti věžný, který znělkou hlásné trubky ohlašoval pravidelný večerní čas.
Po posledních opravách v šedesátých a sedmdesátých letech slouží Černá věž zejména návštěvníkům města. Z jejího ochozu se jim otevírá krásný pohled na město, jeho okolí i na Šumavu.