Jak je uvedeno v přehledu dějin města Klatov, existoval již ve XIV. století na severním předměstí Klatov dominikánský klášter s kostelem. Vedle něho byl pak tzv. klášterec, malý klášter u jižní hradby města. V husitské době byl velký klášter s kostelem zbořen a srovnán se zemí. Zachoval se pouze klášterec v rámci protireformace se vrátili dominikáni do Klatov a vybudovali v letech 1694 až 1709 kostel sv. Vavřince. Věže v průčelí byly dostavěny až v roce 1731. Projektantem a stavitelem kostela byl Marc Antonio Gilmentti, Ital usedlý v Klatovech. Vzhledem k tomu, že dominikámi nebyli tak bohatý řád jako jezuité, je kostel sv. Vavřince ve srovnání s jezuitským kostelem stavbou podstatně prostší a jednodušší. Vnitřní stěny, omítnuté, byly a jsou natřeny pouze na bílo bez nějakých maleb.
Roku 1786 byl dominikánský klášter v rámci josefínských reforem zrušen a kostel prodán městu Klatovy. To jej pak pronajímalo jako skladiště.
V bývalém klášterci pak bylo umístěno gymnázium, které zahájilo svou činnost roku 1812. Když se ústav, jejž vedli emauzští benediktini, rozšiřoval, nestačila malá kaple pro studentské bohoslužby, a proto byl kostel sv. Vavřince roku 1866 znovu vysvěcen a sloužil až do 50. let XX. století jako gymnazijní kostel. Pak byl uzavřen, mobiliář i sochařská výzdoby byly odvezeny a kostel chátral tak, že ohrožoval bezpečnost chodců v ulici. Bylo proto počato ještě před rokem 1989 s opravou fasády a střechy. Při této opravě byly zbudovány nové věžní helmice a veškerá 7oprava byla prováděna pod přísným dohledem památkářů. Po roce 1989 bylo přikročeno k opravě interiéru s úmyslem zřídit v těchto prostorách muzeum barokního sakrálního umění.
V současné době slouží jako prostor pro výstavy současného moderního umění.