Jedinečná památka v Klatovech - katakomby - začínají svoji historii v letech 1656 - 1675, kdy jezuité staví na klatovském náměstí svůj kostel Neposkvrněného početí P. Marie a sv. Ignáce. Krypta, kde byly pohřbívány významné osobnosti města a jezuitského řádu, se nalézá v základech tohoto kostela a vzduch se v ní vysušoval prouděním vzduchovými kanály, které vyúsťovaly až na střeše kostela, čímž docházelo k přirozené mumifikaci těl. První pohřby se datují kolem roku 1676 a první zde byl pohřben jezuita Jan Jahoda, dále Albert Chanovský, matematik Benjamin Schleier, rektor koleje Jan Parubka. Později k nim přibývali i bohatí šlechtici - páni z Klenové a Janovic, Kocové z Dobrše, Příchovičtí Kolowratové a další. Celkem bylo v kryptě pohřbeno kolem 200 osob. V roce 1784 císař Josef II. zakázal v kostelech pobřbívat.
Do dnešních dnů se zachovalo jen kolem 30 mumifikovaných těl. Stalo se tak proto, že v roce 1937 při stavbě kostela byla celá řada průchodů ve sloupech a pilířích, na kterých spočívá klenba kostela, zazděna a došlo k narušení vzduchového proudění. Pak došlo k následujícímu napadení mumií plísněmi a hnilobou. Původní dubové rakve byly napadeny aktivním červotočem. Většina těl podlehla zkáze a musela být pohřbena na hřbitově. K této zkáze přispěla i vysoká návštěvnost katakomb a vandalismus. K částečné nápravě a následným opatřením k zachování této unikátní památky došlo vlastně až v roce 1963, kdy katakomby převzalo jako nájemce město.
Krypty vlastní Arciděkanský úřad v Klatovech. Celou tehdejší akci projektovali, řídili a prováděli v několika etapách přední odborníci ústředních odborných ústavů. Přes veškerou snahu a úpravy je však stále nutné omezovat bezprostřední styk s mumiemi a upravovat návštěvní hodiny. Důvodem je záchrana kulturní památky světového významu.